Nadmierne i długotrwałe stosowanie antybiotyków może prowadzić do dysbakteriozy. Przez pojęcie to rozumie się zaburzenia ekologiczne flory bakteryjnej saprofitującej w organizmie, czego wynikiem mogą być zmiany patologiczne w błonach śluzowych (np. enteritis pseudomembra- nacea), hipowitaininozy i niebezpieczne nadksżenia drobnoustrojami opornymi na podawany antybiotyk. Nadkażenie jest z reguły zakażeniem ,,ex vacuo” i najczęściej jest zakażeniem grzybiczym, gronkowcowym łub pałeczkami Gram-ujemnymi (Proteus, Pseudomonas, Escherichia i innymi).
W ostatnich latach notuje się coraz częstsze występowanie zakażeń wywołanych przez drobnoustroje określane dotychczas jako niepatogen- ne, a obecnie nazywane często oportunistycznymi (np. Bacillus subtilis,
Erwinia sp., Bacieroicies, Fusobacterium, Aeromonas hydrophila). Jednym z czynników wpływających na kształtowanie się tego zjawiska jest nadużywanie antybiotyków. Zakażenia drobnoustrojami oportunistycznymi stwierdza się szczególnie często u dzieci, a zwłaszcza u niemowląt, u których układ immunokompetentny jest jeszcze często niedojrzały. Podobne niebezpieczeństwo powoduje również nadmierne i nieprzemyślane stosowanie antybiotyków jako osłony w immunosupresji i terapii cytostatykami, a także u chorych z obniżoną odpornością z innych powodów (compromised host).
